Mit einer einfachen Stuhluntersuchung und der Kombination verschiedener Entzündungsmarker im Stuhl können entzündliche Vorgänge von funktionellen Beschwerden abgrenzt. Die Untersuchung im Stuhl ermöglicht ferner einen Hinweis auf Allergie, z.B. im Rahmen pollenassoziierter Nahrungsmittelallergie und ergibt auch Hinweise auf einen möglichen Parasitenbefall. Untersucht werden Alpha-1-Antitrypsin im Stuhl, Calprotectin im Stuhl, Lysozym, Lactoferrin sowie Hämoglobin und EPX (Eosinophiles Protein X).