Jede antibiotische Therapie führt zu einer Veränderung des Darm-Mikrobioms. Dabei können einzelne Bakterienstämme dezimiert und , andere möglicherweise komplett ausgerottet werden. Diese Verschiebung des inneren Ökosystems bewirken häufig eine Überwucherung mit ungünstigen und krankmachenden Darmbakterien. Häufig ist eine solche Therapie auch der auslösende Trigger für die Entstehung anderer Erkrankungen wie Autoimmunerkrankungen oder metabolischen Erkrankungen. Deshalb sollte jede antibiotische Therapie nur unter strengster Indikationsstellung erfolgen.